Agregando estas 2 lineas al inicio del código, las funciones se compilan en bytecode logrando incrementar las velocidades de ejecución de 3 a 4 veces!

require(compiler)
enableJIT(3)

mas info en:

http://www.r-statistics.com/2012/04/speed-up-your-r-code-using-a-just-in-time-jit-compiler/

Saludos!